ก่อนการก่อตั้งโรงเรียนผู้รู้ ญสส. ๘๐ เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๑๙ ได้มีการก่อตั้งวัดญาณสังวราราม วรมหาวิหาร ในพระบรมราชูปถัมภ์ เป็นพระอารามหลวงชั้นเอก การสร้างวัดนี้เริ่มจากคุณหญิงนิธิวดี และนายแพทย์ขจร อ้นตระการ ได้ถวายที่ดินแด่สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก และพระองค์ท่านได้มอบหมายให้ หม่อมหลวงจิตติ นพวงศ์ เป็นผู้ประสานงานในการก่อสร้างเพื่อเป็นวัดเฉลิมพระเกียรติเจ้าฟ้าเจ้าแผ่นดิน ผู้มีพระคุณต่อชาติ ศาสนา และพระมหากษัตริย์ วัดนี้ใช้เวลาสร้างเพียง ๔ ปี และได้พัฒนาเรื่อยมาตามลำดับ
เมื่อมีวัดก็เกิดโครงการพระราชดำริขึ้นโดยรอบวัด เช่น เขตห้ามล่าสัตว์ป่า โรงพยาบาล ศูนย์ผู้สูงอายุ ศูนย์พัฒนาที่ดิน เป็นต้น พระองค์ทรงคิดว่าน่าจะมีสถานที่อบรมเด็ก โดยพระองค์ทรงปรารภว่า เด็กไทยในสังคมปัจจุบันมีการเปลี่ยนแปลงจากเดิมไปมากจนไม่เหมือนเด็กไทยที่ควรเป็น ท่านอยากให้สานุศิษย์ทั้งหลายได้ช่วยกันอบรมเด็ก โดยหาสถานที่จัดการสอนและให้การอบรมแบบโรงเรียนโดยไม่ต้องตั้งเป็นโรงเรียน แต่มีผู้คัดค้านว่าการเอาเด็กมารวมกันแล้วสอนโดยไม่มีการศึกษาวิชาสามัญทำไม่ได้ เพราะเด็กต้องจบการศึกษาภาคบังคับของกระทรวงศึกษาธิการคือชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓
ในขณะนั้นโรงเรียนในชนบทส่วนใหญ่จะมีเพียงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ ดังนั้นจึงต้องตั้งเป็นโรงเรียนสอนวิชาทั่วไปและอบรมความเป็นไทย มารยาทไทย ควบคู่กับวามรู้ทางด้านพระพุทธศาสนา ด้วยเหตุนี้โรงเรียนผู้รู้ ญสส. ๘๐ จึงจัดตั้งขึ้นด้วยความตั้งใจที่จะสอนให้เด็กมีความรู้ตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการและเพิ่มการอบรมให้เป็นผู้รู้จักรักชาติ ศาสนา พระมหากษัตริย์ และการปฏิบัติให้ถูกต้องในฐานะที่เป็นคนไทยและเป็นพุทธศาสนิกชนที่ดี พระองค์ทรงให้ใช้ชื่อโรงเรียนว่า ผู้รู้ ญสส. ๘๐
ผู้รู้ หมายถึง ให้นักเรียนเป็นผู้รู้จักตนเอง รู้ผิด รู้ชอบ รู้ละอาย
ญสส. หมายถึง พระนามย่อของพระองค์ (สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก)
๘๐ หมายถึง ปีที่พระองค์มีพระชันษาครบ ๘๐ ปี (พ.ศ. ๒๕๓๗)
โดยขออนุญาตจัดตั้งโรงเรียนเมื่อปี พ.ศ.๒๕๓๗ ภายใต้การบริหารงานของมูลนิธิวัดญาณสัง
วราราม สถานที่ตั้งบริเวณวัดญาณสังวรารามฯ หมู่ ๑๑ ตำบลห้วยใหญ่ อำเภอบางละมุง จังหวัดชลบุรี
เป็นโรงเรียนเอกชนการกุศล ประเภทโรงเรียนประจำชาย เปิดสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น(มัธยมศึกษาปีที่ ๑ – ๓) เพื่อสร้างคนดีให้สังคม โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ
- เพื่อจัดการศึกษาสำหรับเด็กด้อยโอกาสที่ครอบครัวมีฐานะยากจน
- เพื่ออบรมให้เด็กเป็นผู้มีคุณธรรมจริยธรรมตามมารยาทของเด็กไทย
- เพื่อฝึกการดำเนินชีวิตแบบพอเพียงรู้จักช่วยเหลือตนเอง ผู้อื่นและสังคม
- เพื่อช่วยเหลือเด็กในเขตจังหวัดภาคตะวันออกและจังหวัดใกล้เคียง
โรงเรียนผู้รู้ ญสส. ๘๐ เปิดสอนเมื่อวันที่ ๑๖ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๕๓๗ โดยอาศัยศาลาของวัดญาณสังวรารามฯ และวิทยาลัยเกษตรกรรมชลบุรี เป็นสถานที่เรียน มีรองศาสตราจารย์ทันตแพทย์หญิงพวงเพ็ชร เดชะประทุมวัน ข้าราชการเกษียณจากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นผู้รับใบอนุญาตจัดตั้งและทำการแทนสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก พร้อมกับรับตำแหน่งครูใหญ่ และนางสาวรัชนี คชวงษ์ เป็นผู้จัดการโรงเรียน เพื่อดำเนินการบริหารจัดการโรงเรียน โดยมีครูทีทำการสอนประจำเพียง ๒ คน และนักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ จำนวน ๒๕ คน ซึ่งได้รับความอนุเคราะห์จากอาจารย์วิทยาลัยเกษตรกรรมชลบุรี ช่วยสอนในวิชาพื้นฐานที่สำคัญ
หลังเปิดภาคเรียนที่ ๑ ปีการศึกษา ๒๕๓๗ สมเด็จพระญาณสังวรฯ เสด็จวางศิลาฤกษ์อาคารอำนวยการของโรงเรียน ในพื้นที่ก่อตั้งโรงเรียนปัจจุบันเลขที่ ๖๙ หมู่ ๖ ตำบลนาจอมเทียน อำเภอสัตหีบ จังหวัดชลบุรี ซึ่งศาสตราจารย์แพทย์หญิงหม่อมราชวงศ์ส่งศรี เกตุสิงห์ บริจาคให้จำนวน ๒๐ ไร่ ต่อมามูลนิธิวัดญาณสังวราราม และธนาคารกสิกรไทยบริจาคเพิ่มซึ่งปัจจุบันมีพื้นที่จำนวน ๕๔ ไร่
ปีการศึกษา ๒๕๓๘ โรงเรียนได้ย้ายที่ตั้งและสถานที่เรียนมาดำเนินการ ณ ที่ก่อสร้างโรงเรียนมาจนถึงปัจจุบัน มีการรับครูและบุคลากรเพิ่มเพื่อดำเนินการจัดการศึกษาตามรูปแบบโรงเรียนวิถีพุทธ
ปีการศึกษา ๒๕๔๑ นางสาวรัชนี คชวงษ์ ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการ และที่ประชุมคณะกรรมการมูลนิธิวัดญาณสังวราราม มีมติแต่งตั้ง นางพัชรวัลย์ รัตนกุสุมภ์ เป็นผู้จัดการโรงเรียน
ปีการศึกษา ๒๕๔๖ รองศาสตราจารย์ทันตแพทย์หญิงพวงเพ็ชร เดชะประทุมวัน ลาออกจากตำแหน่งครูใหญ่ และที่ประชุมคณะกรรมการมูลนิธิวัดญาณสัวราราม มีมติแต่งตั้งนางปัญจนา ฉิมอินทร์ เป็นครูใหญ่ ปัจจุบันเปลี่ยนเป็นตำแหน่งผู้อำนวยการ ตามพระราชบัญญัติการศึกษาเอกชน พ.ศ. ๒๕๕๑
ปีการศึกษา ๒๕๔๗ รองศาสตราจารย์ทันตแพทย์หญิงพวงเพ็ชร เดชะประทุมวัน ลาออกจากตำแหน่งผู้รับใบอนุญาต ที่ทำการแทนสมเด็จพระญาณสังวรฯ และนางพัชรวัลย์ รัตนกุสุมภ์ ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการโรงเรียน โดยที่ประชุมคณะกรรมการมูลนิธิวัดญาณสัวราราม มีมติแต่งตั้งผู้ช่วยศาสตราจารย์มาลี ช่วงสุวนิช เป็นผู้รับใบอนุญาต และแต่งตั้งศาสตราจารย์กิตติคุณสุภาพรรณ รัตนาภรณ์ เป็นผู้จัดการโรงเรียน
ปีการศึกษา ๒๕๕๖ ผู้ช่วยศาสตราจารย์มาลี ช่วงสุวนิช ลาออกจากตำแหน่งผู้รับใบอนุญาต และ ศาสตราจารย์กิตติคุณสุภาพรรณ รัตนาภรณ์ ลาออกจากตำแหน่งผู้จัดการโรงเรียน โดยที่ประชุมมูลนิธิวัดญาณสังวราราม มีมติแต่งตั้งนายสุรพงษ์ บำรุงสุข เป็นผู้รับใบอนุญาต และนายสมศักดิ์ ลลิตวงศา เป็นผู้จัดการโรงเรียน
ปีการศึกษา ๒๕๖๑ ที่ประชุมคณะกรรมการมูลนิธิวัดญาณสังวราราม มีมติแต่งตั้ง นางสาวสายกุล ปะนันเป็ง เป็น ผู้อำนวยการโรงเรียนผู้รู้ ญสส. ๘๐
ปีการศึกษา ๒๕๖๕ การประชุมสามัญคณะกรรมการมูลนิธิวัดญาณสังวราราม มีมติแต่งตั้ง นายกันตวัฒน์ เกษมสุข เป็น ผู้อำนวยการโรงเรียนผู้รู้ ญสส. ๘๐
ปัจจุบัน มีนักเรียนจำนวน ๗๙ คน ครู ๑๒ คน และบุคลากร ๖ คน และยังคงดำเนินการตามแนวพระดำริของสมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณสังวร เพื่อสร้างผู้นำด้านคุณธรรมสู่สังคมไทย